シークエンサー Nextseq500

利用方法

・ シークエンスの受託解析
DNAもしくはRNAサンプルからのライブラリ調製とNextseq500によるシークエンス解析を行います。
詳細については以下の受託解析内容をご覧ください

・シークエンサーNextseq500の利用
利用者自身でライブラリ調製と必要な消耗品の準備が必要になります。
ご利用希望の際には下記の担当者までご連絡ください。

・Fluidigm社C1を用いた1細胞ゲノミクス解析のサポート
詳細についてはお問い合わせください。

受託解析

主に、以下の解析についてDNA/RNAサンプルからのライブラリ調製とシークエンス解析を行います。

  • DNA-seq: ゲノム配列解析
  • mRNA-seq: mRNAをターゲットとした遺伝子発現解析
  • ChIP-Seq
  • その他
    ・上記以外の解析についても対応できる場合もございます。
    (PCR ampliconからのライブラリ調製、微量RNAからのライブラリ調製など) 。別途ご相談ください。
    ・ご自身で調製されたライブラリの受託解析も対応いたしますので別途ご相談ください。

利用負担金価格(利用料・受託解析料)

・利用料(機器利用のみを希望の場合):ページ下部の「生命動態共用研究施設共用研究機器利用内規」をご参照ください。
(必要な試薬キット・消耗品は利用者にご準備いただきます)
・受託解析料:ページ下部の「生命動態共用研究施設解析受託内規」をご参照ください。Nextseq500の利用料を含みます。

<受託解析:サンプル条件>

ライブラリ調製からの依頼をされる場合には、以下のサンプルをご準備ください。

  sample conc. amount quality その他
DNA-seq Purified
genomic DNA
>20 ng/μl >200ng RNA混入が
ないこと
分解が認められ
ないこと
 
mRNA-seq Purified
total RNA
>50 ng >1μg Bioanalyzer RIN > 8.0 RNA量が満たな
い場合は事前に
お問い合わせく
ださい。
ChIP-seq Fragmented
ChIP-DNA and
Input DNA
  >1ng サイズ分布の目安: 100-400bp  

・溶媒にはNuclease Free Waterもしくは10mM Tris bufferをご使用ください。
・genomic DNAおよびtotal RNAについては、アガロース電気泳動でのQC後にご提出ください。(微量の場合には必須ではありません)
・サンプル量・濃度が満たない場合でも対応可能な場合がございます。別途ご相談ください。
・ライブラリ調製前に、サンプルのQC(Qubitによる濃度測定, Bioanalyzer解析)を行います。

受託解析:留意点

・解析依頼が1シークエンスラン分に満たない場合には、他の依頼のサンプルと相乗りでシークエンスを行う場合があります。
・解析後にはfastqファイルをお渡しします。

利用および受託解析の申し込みについて

受託解析の依頼をご検討の場合には、まず下記の担当者までお問い合わせください。その際には可能な範囲で実験計画(解析内容、サンプルの種類、数など)とサンプルの調製予定日を合わせてお知らせください。その後、打ち合わせをさせていただいただき、費用についてご了承頂いた上で、解析を進めます。

受託解析をご希望の場合には各年度12月末までにご連絡ください。それ以降は、年度内の解析をお受けできない場合があります。また、状況によってはそれよりも早く依頼をお受けできなくなる場合もありますので、ご検討の場合にはできるだけ早めにご連絡いただければ幸いです。

スクリーンショットの画面

自動的に生成された説明

・QCの結果、サンプルが基準を満たさない場合にはサンプルの再提出をお願いすることがあります。その場合には追加のQC費用をご負担いただきます。
・サンプルが基準を満たさない場合などで解析を途中で中断される場合には、それまでの作業分の費用をご負担いただきます。
・Nextseq500およびFluidigm C1の利用についてのお問い合わせも、以下までお願いします。

担当者

生命科学研究科生命動態共用研究施設
次世代DNAシークエンス室
近藤武史
take-kondo@lif.kyoto-u.ac.jp

内規

生命動態共用研究施設共用研究機器利用内規
生命動態共用研究施設解析受託内規