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スコアについて

ペプチドスコア

測定結果から得られたMS/MSスペクトルを元にMascotが算出した値で、高スコアであるほどヒットしたペプチド配列の確からしさが大きくなります。お返しするPeptideファイルには、偽陽性をできるだけ除外するために、Mascot上で有意と判定できる基準以上のペプチドスコアを持つペプチドのみを記載しています。参考

プロテインスコア

該当蛋白質のペプチドとしてヒットしたペプチドのペプチドスコアを積算した値です(ただし、同じ配列のものが複数個ヒットした場合は、ペプチドスコアが最大のものだけを採用)。このスコアリングの方法はMascotではStandard scoringと呼ばれますが、Standard scoringの場合、分子量が小さい蛋白質は分子量が大きい蛋白質に比べて、ヒットする可能性のあるペプチドの種類が少なくなるので、プロテインスコアが伸びない傾向があります。ヒットしたペプチドの総数をチェックする等で総合的にご判断ください。

 

タンパク質A
MKLLILTCLVAVALARPKHP
IKHQGLPQEVLNENLLRFFV
APFPEVFGKEKVNELSKDIG
SESTEDQAMEDIKQMEAESI
SSSEEIVPNSVEQKHIQKED
VPSERYLGYLE

ヒットした配列 ペプチドスコア
LLILTCLVAVALARPK 60
HQGLPQEVLNENLLR 40
VNELSK 50
EDVPSERYLGYLE 30

タンパク質Aのプロテインスコア
(Standard scoring)
60 + 40 + 50 + 30 = 180

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