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Proteinファイル

Peptideファイルの一部を抽出し、蛋白質のリストにしたもので、Peptideファイルと同様に、same-set proteinsを含んだProteinファイルとsame-set proteinsを含まないProteinファイルをご用意いたします。
Proteinファイルの構成について、「Protein例.xlsx」を用いてご説明いたします。
シート「A」、「B」は、Peptideファイルと同様にサンプルA、Bの結果をシート毎に分け、ゲル番号1〜3の結果を上から並べた蛋白質のリストになっています。prot_scoreはプロテインスコア、prot_matchesはヒットしたペプチドの総数、sample No.は検出されたゲル番号を示しています。シート「A (2)」、「B (2)」では、同一レーン内で複数のゲルから同じ蛋白質がヒットしたものについて、最大のスコアのものだけを抽出し、スコアの高い順に並べています。また、コンタミネーションと思われるケラチンはリストから除いています。シート「B-A」では、A、Bの結果を併記し、スコアの引き算を行い、その値をprot_subとして降順に並べています。
ただし、prot_subの値そのものは、独立して意味を持つ値ではありません。例えば、prot_subの値が200の場合、4000-3800の200と300-100の200では意味合いが違うと考えられます。あくまで比較のご参考に算出したものであることをご理解ください。

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