same set proteinsを含むProtein_SameSet例.xlsxのシート「A (2)」30〜32行目にある
・E9PL09　 40S ribosomal protein S3
・P23396　40S ribosomal protein S3
・P23396-2　Isoform 2 of 40S ribosomal protein S3
のそれぞれのアミノ酸配列とヒットしたペプチド（赤字で示す）は以下の通りで、3種類のタンパク質で共通するアミノ酸配列しかヒットしていないため、区別がつかず、これらはsame set proteinsに該当します。

same set proteinsを含まないProtein例.xlsxのシート「A (2)」では16行目にあるように
・E9PL09　 40S ribosomal protein S3
だけが記載されます。

same set proteinsを含むProtein_SameSet例.xlsxシート「B (2)」2行目にある
・P23396　40S ribosomal protein S3
にはsame set proteinsがヒットしていません。以下に示すように、E9PL09やP23396-2にも共通する配列自体はヒットしているのですが、P23396に特異的な「RFGFPEGSVLYAEK」や「RFGFPEGSVLYAEKVATR」といった配列（色を反転させた配列）がヒットしたためP23396のみが記載されます。

same set proteinsを含まないProtein例.xlsxシート「B (2)」でも2行目にある
・P23396　40S ribosomal protein S3
だけが記載されます。

same set proteinsを含むProtein_SameSet例.xlsxシート「B-A」の6行目には、P23396がBではプロテインスコア「1364」、Aでは「462」となりますが、same set proteinsを含まないProtein例.xlsxのシート「B-A」の3行目には、P23396がBではプロテインスコア「1364」、Aでは「0」となります。
このようなことが生じますので、same set proteinsを含むファイル、含まないファイルは両者を適宜使い分けてご利用ください。