動物の発生における環境適応のメカニズムを研究しています。主要な環境要因の一つは、動物が食餌や共生微生物から得る栄養です。我々のゲノムには、日々変動する栄養素のバランスに柔軟に適応して、成長、生殖、そして老化を調節するプログラムが書き込まれており、その実体を解明しようとしています。また、環境からの異なる感覚入力を区別して神経活動へと符号化し、選択的な行動パターンを生成する神経回路の動作原理も研究しています。さらに、胚発生において器官を正確に構築する仕組みや、宿主の性を操作する内部共生細菌の働きも研究しています。各種オミックス、光遺伝学、電気生理学、生体内イメージングを含めた多彩なアプローチを用いて研究しています。